A partir de 1995, la direction est assurée par Anne Molitor, psychologue de formation, et Monique Duren, qui travaille alors au Service culture de la Ville de Bruxelles. Elles définissent leurs missions de la manière suivante: "Le Toit sur la cour, alliant passé et présent, symbolise l'évolution de la Maison. Il est le reflet de l'héritage, du patrimoine reçu et de la philosophie qui régnera dans la Maison et s'y développera. [...] Le but est d'accentuer le décloisonnement: d'une part, favoriser les collaborations, co-productions avec les associations dont les buts complètent ceux de la Maison, d'autre part, installer des ponts entre les individus, créer et susciter des liens qui puissent apporter des regards nourriciers afin que, plus que jamais, la Bellone soit un lieu d'échange de paroles vivantes."

En 1998, Pietro Pizzuti complète l'équipe de direction. La maison prend, c’est le cas de le dire, une autre direction, mais dans un même souci de « service » et déclinant de toutes les manières la Cour, qui est devenue le centre de la maison. Rencontres avec des artistes, forums, réunions, dîners-rencontres, lectures, musiques... d’une maison d’expositions, elle s'oriente vers une maison de débats, de services : le Centre de ressources théâtre, les salles de réunion, la salle de répétition, les rencontres entre artistes et public. Tout cela demande un travail de fond impressionnant.

En 1998 est aussi fondé un magazine voué à tous ceux qui se mettent sans cesse en danger, voué à toutes les familles des arts de la scène. Scènes est ainsi né en décembre 1998, porté d’abord par Danièle Stern, et repris ensuite par Linda Lewkowicz.

En 2005, après neuf mois de travaux, le Bellone Café voit le jour à front de rue, et la Maison est dotée d'un accueil digne de ce nom, dans un couloir entièrement réaménagé.

Sur le plan des associations hébergées, certains partent, d’autres arrivent : Temporalia cesse ses activités, le Cifas et W-B T/D partent s'installer ailleurs... Mais les bureaux des Brigittines seront logés rue de Flandre jusqu’en 2007, Transcultures investira le grenier de la Maison jusqu'en 2008, et le Réseau des Arts, dont La Bellone est membre, installe sa "centrale" dans la maison.